厦门市中小学卫生保健所成立于1984年12月，是厦门市教育局直属事业单位，自1985年起承担历次全国学生体质调研任务，2001年厦门市中小学卫生保健所等25个单位被国家教育部确定为第一批全国学生体质健康监测站。保健所肩负着学校卫生保健和健康教育的双重职能，包括对学生健康体检和常见病监测与防治、学校卫生管理和健康教育、学校卫生人员的业务管理和专业培训、学生健康档案的信息化管理和统计，儿童青少年生长发育与疾病防治的科学研究。
目前，保健所在编人员8人，卫生专业技术人员占职工总数85%，其中中高级职称达71％。固定资产160多万元，配有美国惠普B超机、电视遥控X光机、进口自动分析心电图机、生化分析仪等先进的医疗设备。业务科室有：内科、外科、五官科、放射科、检验科、B超心电图室、形态机能等科室。配置电脑等现代化办公设备，建立计算机局域网并与市教育网连接。
创所20多年来，保健所在工作中成长，在改革中创新，面向学校、服务师生，已逐步形成中小学体质健康监测中心；学生常见病防治指导中心；学校卫生人员培训中心；学校卫生管理、健康教育中心；学校卫生科研、信息交流中心机构。
